Secara ringkasnya Jabatan Penjara Malaysia telah melaksanakan Sistem Pengurusan Kualiti MS ISO semenjak tahun 1996 menggunakan versi MS ISO 9002:1994 dan versi 9001:2000 melibatkan 8 Bahagian di Ibu Pejabat Penjara dan 30 buah institusi di bawah Jabatan Penjara. Pada tahun 2009 pihak Jabatan telah berusaha untuk memperolehi pensijilan MS ISO Versi 9001:2008 dan memperluaskan kepada 40 buah institusi di bawah skop pengurusan penahanan dan pemulihan banduan, pengurusan penahanan dan pemulihan tahanan, pengurusan penahanan dan pemulihan penghuni serta pengurusan latihan anggota terangkum dalam 32 prosedur kualiti yang melibatkan;
- Ibu Pejabat Penjara Malaysia (10 Bahagian di Ibu Pejabat Penjara)
- Ibu Pejabat Penjara Sabah
- Ibu Pejabat Penjara Sarawak
- 27 Institusi Penjara
- 3 Pusat Latihan termasuk Akademi Koreksional Malaysia Langkawi
- 4 Pusat Pemulihan Akhlak,
- 2 Sekolah Henry Gurney dan,
- 1 Tempat Tahanan Perlindungan (ISA), Kamunting
Hasil usaha pihak pengurusan atasan dan komitmen semua institusi penjara pengiktirafan dan pensijilan ini telah diperolehi pada 11 November 2009 melalui SIRIM QAS International dan IQ Net International iaitu sebuah badan pengiktirafan kualiti peringkat antarabangsa. Tahniah diucapkan kepada Jabatan Penjara Malaysia.